長老教會的宣教士，雖然不是最早在台灣進行傳教活動的人，但自1865年5月28日馬雅各醫師登陸高雄以來，是實際將基督教福音根植在台灣的先驅者。
為了要加快本土福音的擴展，巴克禮牧師在1876年開始，將原本小型的「傳道者養成班」集結成學校，創立「府城學院」，專門培養在地的傳道者、神職人員，1903年於現址建立校舍。
公視拍攝的電視劇「一把青」，敘述中日抗戰與國軍撤退來台發展的故事，劇中女主角朱青就讀神學院的場景便是在此拍攝。
(可以參考電視主題曲MV《看淡》中40秒處的場景)
在1940年，因為不願意將學校交給日本軍政府所指派的教團來接管，因而被勒令閉校，師生得在台北神學院寄讀。
直到1948年才在本已荒廢的原址復校，隔年任命黃彰輝牧師為台南神學院第一任的院長。
(校園內的巴克禮牧師故居遺址)
黃彰輝牧師一生中主張「實況化神學」與「台灣教會合一」，並且致力於本土基督教私辦的學校、大學的設立，並且在台灣光復後，70年代面臨外交危機時，聯合海外的華人，跟歐美各國來爭取台灣的國際地位與民主主權，推動「臺灣人自決運動」，宣揚台灣人的主權應該由台灣人自己決定，呼籲中華民國政府必須要真正的落實民主制度，建立人民對於台灣本身的歸屬意識。實況化神學(Theology of Contextualization)發展自根植化神學(Theology of Indigenization)，根植化神學強調的是伴隨著歐美的勢力在第三世界擴張的同時，不該只是原封不動地把既有的體制強加在被殖民的國家中，忽略了原本的社會體制、文化與歷史，有時不僅製造了無謂的衝突，也損害了原本的文化。所以在殖民地脫離原有的統治者時，在基督教上關於「根植化」的思想開始被推廣。目的是要讓福音能夠根植在每一個民族與土地上，根植化神學最常見的例子便是將聖經編譯成白話文的聖經，利用當地文化中的傳統精神與相呼應的聖經內容結合在證道之中。另外一個是教會的建築、福音音樂的創作，有仿中式建築的教會、利用中國傳統樂器、樂理來創作福音歌曲。
(臺灣人自決運動發起人：黃武東、黃彰輝、林宗義)
黃彰輝牧師認為這些改革並沒有不好，但主要都只停留於形式上的改變，屬於靜態的呈現，並沒有與在地的人產生動態的互動，所以「實況化神學」的突破在於，強調「道成肉身」的生活，讓信仰可以成為大眾日常的一部分，具體任務有三大內容，分別為長成的基督徒樣式、建構神學、發展福音事工。實況化神學強調，在相信 神、學習信仰的過程中，要將天主的思想併入我們的思考當中，重新檢視自己的文化、歷史，讓聖三位參與在國家民族的未來發展之中。使福音得以讓國家真正的富強，以及變化成耶和華 神所期待的福音沃土，這也不難看出黃彰輝牧師推動民主自決運動的構想從何而來。
“我們不只是侷限於台灣，應該把台灣視為世界公民的一員，讓其他人認識這塊土地的文化。
台灣的發展除了自己的進步，更要推向國際舞台，讓世界共同見證台灣氣魄的善與美！”——黃彰輝牧師
(台南神學院目前都有在穩定運作中，兩個校區相連，
有以學校、禮拜堂為主的上課地方，以及館藏、生活區域，並附設幼兒園等其他機構。)
當我們看待已經發展成熟的福音歷史時，時常會將既有的事物視為理所當然，但是初代的福音種子的萌芽，其實是來自於許多先驅者的犧牲，以及與傳統價值觀的衝撞所換取而來的。我們都深愛自己所生長的土地，但是在價值觀上無法相融時，不能只是一昧選擇逃避、鄙視保守的勢力。持續的溝通與傳揚福音，都是累積實力的過程，並且在認識過去神學的發展時，也能感受到藉由這樣的學習，讓在地的人都能夠用屬神的思維，重新去思考自己所面對的問題、國家民族的問題。有能力、有經驗的人，有時因為擅長、暸解的關係，反而容易按照自己的意思去做，僵化的主觀讓 神無法親自地參與在決策之中，發揮其影響力。也因為牧師的推動，讓台南神學院在亞洲也曾居於神學上的主導地位。邁入二十一世紀，各國的基督教福音發展更加成熟，不同的教派如同肢體般地，按照特質、聖靈的指引推動福音的事工，並沒有絕對的孰對孰錯，而是在真理的世界中，共同來構築天主的理想世界。
此外，也足見在福音發展的初期，專業的神職人員的培育的重要性，在學校的運作上雖然遭遇許多的困難，但首先要有能成為祭司長般的支柱，才能讓福音發展的過程中更加的穩固，讓教友們能真正地跟基督接枝、一一地豎立在磐石之上。
親自地到這裡走一遭，對於學習福音、相信 神的人而言，自己應要成為福音的見證人，帶著基督的思想來治理生活、為國家民族代禱，是此行所見所聞最大的體會。
參訪注意事項：
神學院主要還是作為教育事業的運作為主，參訪以假日為主，不宜過度吵鬧。